Uanset en anstrengt økonomi på grund af landbrugskrise i 1880-erne og en utilstrækkelig brandforsikring, besluttedes det ret hurtigt, at Slottet skulle genopføres, dog kun syd-, vest- og nordfløj.

 

Opgaven blev overdraget til professor ved arkitektskolen Hans Jørgen Holm. Som sin hjælper valgte han arkitekt Søren Lemche.

 

I løbet af foråret 1893 blev der foretaget undersøgelser og en minutiøs opmåling af ruinerne.

 

Tegninger og beskrivelser til genopførelsen blev udfærdiget i løbet af efteråret. Dette resulterede i en kongelig konfirmation den 17. februar 1894, som indebar, at genopførelsen kunne gå i gang i foråret 1894. 

 

 

 

Mange af de tykke ydermure var delvis uskadte, og kunne helt eller delvis genanvendes.

 

Slottets indre ændredes fuldstændig, idet det var besluttet, at hvor der tidligere havde været slotskirke, riddersal, havesal og kongelig lokaler, skulle hele Slottet nu indrettes til 9 lejligheder til stiftsdamer samt en forhal og en havesal.

 

De oprindelige sandstensportaler, sandstensmedailloner og anden sandstenudsmykning på murværk var delvis uskadt fra branden og kunne genanvendes.

 

I sommeren 1904 blev Slottet genindviet, og 9 stiftsdamer kunne flytte ind.